L'avion de Jorge Bergoglio, parti de Rome, a atterri à 11h16 locales (04h16 GMT) à l'aéroport Soekarno-Hatta après un vol de 13 heures, selon des journalistes de l'AFP à bord.
"Merci pour votre compagnie et pour votre travail", a déclaré le pape aux quelque 70 journalistes présents dans l'avion, peu après avoir atterri, avant de les saluer un par un. "Je pense que c'est le plus long (voyage) que j'aie jamais fait. Merci", a-t-il ajouté.
Après avoir été accueilli par des responsables religieux à sa descente de l'avion et avoir reçu un bouquet de fleurs, le pape, se déplaçant en chaise roulante, a ensuite pris place à l'avant d'une modeste berline blanche de marque Toyota qui devait le conduire vers l'ambassade du Vatican à Jakarta.
François devait se reposer mardi avant une réception mercredi matin à l'invitation du président sortant Joko Widodo.
Dans le pays qui abrite la plus importante population musulmane au monde (242 millions, soit 87% des habitants), où l'on dénombre quelque huit millions de catholiques (moins de 3%), cette visite s'articulera surtout autour du dialogue islamo-chrétien, avec une rencontre interreligieuse jeudi en présence des représentants des six confessions officielles (islam, protestantisme, catholicisme, bouddhisme, hindouisme et confucianisme).
Vendredi, le pape argentin poursuivra son déplacement en Papouasie-Nouvelle-Guinée et au Timor oriental, avant de le conclure le 13 septembre à Singapour.
Ce périple de 12 jours et 32.000 km, le plus lointain depuis son élection en 2013, s'apparente à un défi physique hors normes pour le jésuite argentin, qui a connu ces dernières années des problèmes de santé mais apparaît souvent revigoré par les voyages et le contact avec les fidèles.
