"Je me réjouis" de la victoire "mais ne tournons pas autour du pot, nous espérions un meilleur résultat", a-t-elle déclaré devant ses partisans à Berlin.
Selon les projections des chaînes de télévision, les conservateurs de la chancelière ont recueilli autour de 33% des voix, son plus mauvais score depuis qu'elle a pris la tête de la famille chrétienne-démocrate (CDU/CSU). Le précédent était de 33,8% en 2009.
Le mouvement, en recul de plus de 8 points par rapport aux précédentes élections législatives de 2013, a perdu des voix au profit de deux mouvements ayant fait campagne sur des positions plus à droite, à savoir le mouvement anti-migrants de l'Alternative pour l'Allemagne (AfD) et les Libéraux du FDP, également critiques à l'égard de la politique migratoire suivie jusqu'ici.
Selon les sondages réalisés à la sortie des bureaux de vote, l'AfD a pris un million de voix aux conservateurs d'Angela Merkel, environ 400.000 aux sociaux-démocrates et encore un million parmi les abstentionnistes.
"Nous sommes face à un nouveau grand défi, l'entrée de l'AFD au Bundestag", a admis la chancelière, promettant de "reconquérir ces électeurs et électrices" de l'Alternative pour l'Allemagne.
Au pouvoir depuis 2005, Angela Merkel ne va pas échapper à un vif débat en interne, où l'aile droite de son parti critique déjà depuis des mois sa politique d'ouverture à plus d'un million de réfugiés en 2015 et 2016, de manière générale, une politique trop centriste à ses yeux.
Dès dimanche soir, les appels à un virage à droite du prochain gouvernement ont émergé.
"Ne tournons pas autour du pot, le résultat de l'élection constitue une amère déception", a déclaré le président de l'aile bavaroise et conservatrice du parti de la chancelière (CSU), Horst Seehofer.
"Nous avons délaissé notre flanc droit et il nous appartient à présent de combler le vide avec des positions tranchées", a-t-il demandé. La CSU, qui a pendant des mois dénoncé la politique migratoire d'Angela Merkel, devrait se montrer particulièrement ferme dans les mois à venir car elle affronte des élections régionales en Bavière à l'automne 2018.
Les chrétiens-sociaux (CSU) ont eux aussi réalisé dimanche un score historiquement bas dans leur région, à environ 38%, sous la pression de la droite nationaliste.
La CSU devrait du coup probablement repartir à l'offensive pour exiger de la chancelière un plafonnement du nombre de demandeurs d'asile autorisés dans le pays chaque année, ce qu'Angela Merkel a toujours refusé jusqu'ici. Les chrétiens-sociaux bavarois réclament un maximum de 200.000 personnes chaque année.
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