Cette interdiction, valide au 16 août, concerne l'organisation ainsi que ses 395 communautés locales dans le pays, selon un communiqué du ministère.
Fin avril, les Témoins de Jéhovah avaient été interdits en Russie par la Cour suprême, à la suite d'une demande du ministère de la Justice qui avait relevé chez ce mouvement millénariste des "signes d'activité extrémiste". Cette décision a été confirmée en appel le 17 juillet.
Elle avait ouvert la voie à la liquidation des 395 communautés locales des Témoins de Jéhovah sur le territoire russe, où l'organisation revendique quelque 175.000 membres, et à la confiscation de leurs biens.
Les Témoins de Jéhovah ont annoncé leur intention de faire appel devant la Cour européenne des droits de l'Homme (CEDH).
Mouvement fondé en 1873 aux Etats-Unis par Charles Russel, les Témoins de Jéhovah se revendiquent du christianisme.
La puissante Eglise orthodoxe russe qualifie de secte dangereuse le mouvement des Témoins de Jéhovah, notamment en raison de l'interdiction des transfusions sanguines pour ses membres.
La Russie avait déjà ordonné la dissolution en 2004 d'une branche des Témoins de Jéhovah, une décision jugée "injustifiée" par la CEDH, qui a condamné ce pays à 70.000 euros de dommages et intérêts en 2010 dans cette affaire.
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