Selon l’Association des Historiens d’Azerbaïdjan », Yagoub Mahmoudov a reçu l’Ordre de Phénomène pour ses services en matière de science et d’éducation mondiale et le prix international « Scientifique de l'année en Europe » pour ses réalisations en 2022.
Yagoub Mahmoudov a été le premier historien à avoir révélé les vastes relations diplomatiques de l'Azerbaïdjan avec les pays européens aux XVe et XVIIe siècles, ainsi que les noms d’un certain nombre de diplomates azerbaïdjanais ayant mené des négociations avec des pays européens.
Il a soutenu sa thèse de candidat intitulée « Relations mutuelles entre l’État des Akkoyunlu et la Venise (années 60-70 du XVe siècle) » en 1966 et sa thèse de doctorat sur « Les relations mutuelles des États des Akkoyunlu et des Séfévides avec les pays de l’Europe occidentale (2e moitié du XVe siècle - début du XVIIe siècle) » au Conseil scientifique de l'Université d'État de Moscou M.V. Lomonossov en 1989. Ses ouvrages ont été traduits en 15 langues dont le turc, l’anglais, le russe, l’allemand, l’arabe, le persan, le français, le géorgien, l’hébreu, l’espagnol, l’italien, le polonais, l’ukrainien, l’ourdou et le roumain.
Yagoub Mahmoudov a également été élu membre à part entière de 7 académies internationales, dont l’Académie internationale des sciences économiques et sociales d'Italie, l'Académie européenne des sciences naturelles, ainsi qu’il a été décoré de la médaille Gottfried Wilhelm Leibniz et de l’ordre de la Légion d'honneur de l'Académie européenne des sciences naturelles.
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